Viện Nghiên cứu lúa - Trường ĐH Nông nghiệp Hà Nội được thành lập theo Quyết định số 905/QĐ-NN1 ngày 07/10/2005 của Hiệu trưởng Trường ĐH Nông nghiệp I (nay là Đại học Nông nghiệp Hà Nội).

Từ năm 2009 trở đi, Viện Nghiên cứu lúa hoạt động theo đơn vị tự hoạch toán kinh tế thu chi, lấy các sản phẩm do Viện tạo ra làm nguồn thu chính để xây dựng Viện ngày càng phát triển nhanh và bền vững.